A partir del último milenio a.C. la agricultura se fue intensificando con el consiguiente aumento demográfico.
Se explotaron nuevas tierras no fértiles de la desértica costa peruana mediante la construcción, con sucesivas ampliaciones, de redes de canales de riego, algunos de los cuales están todavía en uso. Sobre todo en la sierra andina se usaron terrazas de cultivo.
Emplearon fertilizantes como el guano, formado por los excrementos de aves marinas, e incluso pequeños pescados que se enterraban con la semilla. Debido a la escasez de animales apropiados para su domesticación, en América la ganadería tuvo una importancia menor y los anquénidos peruanos (llamas, alpacas y vicuñas) son prácticamente los únicos rebaños que existieron. Se destinaban a la producción de lana, secundariamente como alimento y raramente como transporte. Domesticaron, además, cobayas.
En la colección se encuentra una serie de vasijas en las que se puede encontrar la representación de especies vegetales como la calabaza, que era el producto base de la alimentación americana junto con los frijoles.
La pesca y el marisqueo tuvieron también gran importancia, así lo demuestran otras vasijas con una decoración a base de crustáceos marinos, probablemente camarones.
En cuanto a los utensilios agrícolas también hay presentes algunos realizados en madera, siendo el más característico el palo cavador, instrumento empleado para introducir las semillas en las fértiles tierras andinas. Peculiar es su rica ornamentación, que muestra a un personaje sentado con las manos sobre las rodillas como si de un cacique se tratara.